淋球菌侵入细胞的第一步是借助其外膜上的菌毛和蛋白Ⅱ粘附到阴茎或阴道的粘膜上皮细胞上，然后直接侵入上皮细胞或刺激上皮细胞吞噬而进入的。淋球菌进入上皮细胞后就开始增殖，并使上皮细胞溶解，进而进入粘膜下间隙，从而突破粘膜屏障，引起粘膜上皮的皮下感染。如果淋球菌从粘膜感染部位侵入血液，可在各个组织中引起淋球菌感染，称为播散性淋球菌感染。